Il existe des personnes capables de décomposer et de transformer la matière on les appelle "Alchimistes". Edward et Alphonse sont les deux fils d'un alchimiste réputé, qui a, un jour, quitté la maison pour ne jamais revenir. Ed et Al sont donc restés seuls avec leur mère et ont appris certains rudiments de l'alchimie par eux-mêmes. Lorsque leur mère décède, les deux garçons décident d'utiliser l'alchimie pour ramener leur mère à la vie. Mais, en raison de leur inexpérience, le rituel tourne mal: le corps d'Alphonse disparait et Edward perd une jambe et un bras...